PHP Versionen werden Upgedatet, sprich die meisten älteren funktionen sind enthalten, oft aber verändert. Die Infos findest du in den entsprechenden funktionen angegeben wie zB hier
PHP: isset - Manual || Abschnitt Changelog
Werden für gewisse funktionen neue erstellt, wird die alte sozusagen als
DEPRECATED angezeigt.
PHP: eregi - Manual
Diese Meldungen werden jedoch nur angezeigt wenn die PHP.ini error_reporting die entsprechende einstellung E_ALL hat.
Einen gesamten Changelog der PHP Versionen findest du sicher durch google, aber es hat keinen Sinn sich speziell auf PHP 5.5 zu fokusieren.
Bei MySQL gibts spezifische Änderungen, welche für den standard Gebrauch für zB Source unrelevant sind. TanteToni2 kann dir dazu aber sicher mehr sagen.
Lg Lex