okay also wen ich das jetzt richtig verstanden habe 
/phpmyadmin/.htaccess & .htpasswd
und in apache2.conf um die anderen beiden zu schützen 
ende der apache2.conf 
<Directory /var/www/domain.zapto.org/ts3webinterface>
AllowOverride AuthConfig
Options ExecCGI FollowSymLinks
</Directory>
<Directory /var/www/domain.zapto.org/torrentflux>
AllowOverride AuthConfig
Options ExecCGI FollowSymLinks
</Directory>
	PHP-Code:
	
		
			
auzug vhost
<VirtualHost *:80>
    ServerAdmin webmaster@domain.zapto.org
    ServerName domain.zapto.org
    ServerAlias domain.zapto.org w.domain.zapto.org ww.domain.zapto.org
    DocumentRoot /var/www/domain.zapto.org
    <Directory /var/www/domain.zapto.org>
    Order Deny,Allow
    Allow from all
    Options -Indexes
    </Directory>
    </VirtualHost>